I když v ČR nejsou přírodní poměry pro budování velkých vodních energetických děl ideální, hrají v rámci obnovitelných zdrojů u nás vodní elektrárny prim.  Podle metodiky EU se přečerpávací vodní elektrárny a malé vodní elektrárny s instalovaným výkonem nad 10 MW mezi zařízení vyrábějící elektřinu z obnovitelných zdrojů nepočítají, nicméně z hlediska jejich významu pro elektroenergetiku ČR a především pro svůj přínos k zachování životního prostředí jsou i ony předmětem zájmu Skupiny ČEZ.

Vznikem rozšířené Skupiny ČEZ se původní portfolio hydroenergetiky ČEZ, a. s., rozšířilo o 12 elektráren, z toho 11 malých vodních elektráren, o celkovém instalovaném výkonu přibližně 48 MW. Při započtení dalších osmi malých vodních elektráren, původně začleněných do samostatné dceřiné organizace HYDROČEZ, a. s., tak je od roku 2006 ve Skupině ČEZ mimo potenciál vodních elektráren mateřské organizace v rozsahu téměř 1900 MW k dispozici navíc přibližně 63 MW.